1829-32 yılları arasında Krikor Amira Balyan’ın II. Mahmud zamanında yaptığı zemin katı kagir, üst katı ahşap 1851 yılındaki yangın sonucunda terkedilmiş olan saray, Padişah Abdülaziz in isteği ile Başmimar Sarkis Balyan’a ve kardeşi Agop Balyan’a yeniden yaptırılmıştır.Sarayın yapımı 1864 yılında tamamlanmıştır.

    Sarayın yenilenmesi sırasında eski yazlık saray alanı bütün halinde korunmasına karşın, ana bina haricindeki öğelerde düzenlemeler yapılmıştır.Dönem saraylarının bir özelliği olan yapı girişlerinin üç merdivenle bahçede sağlanması Beylerbeyi Sarayı’nda da görülmektedir.Bahçesi denizden hafif nişlerle hareketlendirilmiş bir duvarla ayrılan sarayın iç süslemeleri genelde Türk ve İslam sanatı kaynaklı motifler olmasına karşın dışta Batı kaynaklı süslemeler görülmektedir.Eklektisist anlayışın ürünü olan saray, sadece Batı değil, Türk ve İslam rüzgarından da etkilenmiştir. Burada saray; Osmanlı Sarayı’nın çağdaş planlama ile meydana getirilmesi gerektiği ancak bu süreçte Türk ve İslam süsleme zevkinin samimiyetini hissettirmesi gerektiği mesajını verir.

    Güney tarafı Selamlık, kuzey tarafı Harem olarak planlanan 40 x 65 m ebatlarındaki sarayın ortasında Mabeyn Dairesi vardır. II. Mahmud’un İstavroz (Beylerbeyi) Sarayı’ndan havuzu ile birlikte kalan “Serdap Köşkü” mermer kaplı bir yapıdır.

Kaynak:
Pekin, E., (1992), Milli Saraylar, Ankara: TBMM Milli Sarayar DaireBaşkanlığı Yayını
Kuban, D., (2007), Osmanlı Mimarisi,  İstanbul: YEM Yayın.